保罗在罗马得宣告无罪开释之后，他在众教会中间的工作仍不能逃过敌人的注意。自从逼迫在尼罗之下开始以来，基督徒在各地都被视为失去法律保护的一班人。过了一段时期，不信的犹太人设计将煽动焚烧罗马城的罪名加在保罗身上，他们中间虽然没有一个人会认为他犯了这罪；但他们却知道这样一个罪名，只要稍微有一点似乎可信的理由，就足以断定他的厄运了。由于他们的努力，保罗就再度被逮捕，匆匆地被解去下在监里。
保罗在第二次往罗马去的行程中，有他以前的几个伴侣与他同行；其它的人虽然热切地甘愿和他共患难，但他不肯让他们这样冒性命的危险。他当前的形势较比前次他被监禁的时候远为不利。尼罗的逼迫已大大减少了罗马城基督徒的人数。成千的人已经为道殉身，许多人已经离开这城，那些留下的人则大受压迫和威胁。
保罗一到了罗马，就被下在一个幽暗的牢狱里，他留在那里一直到他跑尽了他所当跑的路。他既被控为教唆一件对京城和国家最卑鄙最可怕的罪行，以致成了公众咒骂的对象。
这时，那几个曾与使徒同负重担的朋友开始离开他了，有的人是遗弃了他，其它的则是有任务在身，奉派到各教会去了。腓吉路和黑摩其尼是最先离去的。后来是底马由于困难和危险的乌云越来越密，因而遗弃了这个受逼迫的使徒。保罗又打发革勒士往加拉太众教会去，提多往挞马太去，推基古往以弗所去。保罗论到这一次的经验，写信给提摩太说：“独有路加在我这里。”（提后4:11）使徒既因年老、辛劳和患病而身体衰弱，又被禁闭在罗马监狱那潮湿黑暗的地牢中，他从来没有比这时更需要弟兄们的伺候了。那可爱的门徒和忠心的朋友路加的服务，对于保罗乃是一种很大的安慰，并使他能与外面的弟兄和世界交通。
在这痛苦难堪的时候，保罗的心因阿尼色弗屡次的访问而感到愉快。这个热心的以弗所人竭尽他一切的能力，以减轻保罗在监禁中的苦楚。他亲爱的教师既为真理的缘故在捆锁之中，而他自己却是自由的；所以他不惜任何努力，要使保罗的遭遇成为更易忍受的。
这位使徒在他所写最后的一封书信中，论到这个忠心的门徒如此说：“愿主怜悯阿尼色弗一家的人；因他屡次使我畅快，不以我的锁链为耻；反倒在罗马的时候，殷勤的找我，并且找着了。愿主使他在那日得主的怜悯。”（提后1:16-18）
追求爱心和同情的愿望，乃是上帝亲自培植在人心中的。基督在客西马尼园那惨痛的时辰中，切望得到他门徒的同情。保罗虽然在表面上不以艰难痛苦为念，但他也渴慕同情和友伴。阿尼色弗的访问，证明他对于保罗在孤独和被弃之时所怀抱的忠义，使这个用一生光阴为别人服务的使徒得到了喜乐和畅快。