还有一个警告要传给以利的家。上帝不能与这大祭司和他的儿子交往；因为他们的罪像一层密云一样，已经使他们与圣灵隔离了。但是在邪恶的潮流之中，童子撒母耳仍然效忠上天，于是上帝以斥责以利家的信息传给撒母耳，作他担任至高者先知圣职的委任状。
“当那些日子，耶和华的言语稀少，不常有默示。一日以利睡卧在自己的地方；他眼目昏花，看不分明；上帝的灯在上帝耶和华殿内约柜那里，还没有熄灭，撒母耳已经睡了。耶和华呼唤撒母耳。”（见撒上3:1-7）撒母耳以为这是以利的声音，就赶紧走到祭司的床边，说：“你呼唤我，我在这里。”以利回答说：“我没有呼唤你，你去睡吧。”撒母耳被呼唤三次，他三次都照样答应。于是以利知道这神秘的呼唤乃是上帝的声音。耶和华已经越过他所拣选的仆人——这位白发苍苍的老人——而与一个孩童交谈了。对以利和他的全家，这乃是一个难堪而该受的谴责。
以利心中没有起什么嫉妒或怨恨的思想。他指示撒母耳若是那声音再呼唤的话，就这样回答，说：“耶和华啊，请说，仆人敬听。”果然又听见那声音呼唤了，童子就回答说：“请说，仆人敬听。”他一想到那伟大的上帝竟要与他说话，心中不禁非常畏惧，甚至连以利所教他讲话的方式也记不完全了。
“耶和华对撒母耳说：我在以色列中必行一件事，叫听见的人都必耳鸣。我指着以利家所说的话，到了时候我必始终应验在以利身上。我曾告诉他必永远降罚与他的家，因他知道儿子作孽，自招咒诅，却不禁止他们。所以我向以利家起誓说：以利家的罪孽，虽献祭奉礼物，永不能得赎去。”
撒母耳在从上帝领受这一个信息之前，他“还未认识耶和华，也未得耶和华的默示。”这意思就是说，他那时还不熟悉上帝赐给众先知的直接显示。这点是耶和华的旨意，要用这出其不意的方式显示自己，叫以利可以从这少年人的惊奇与询问而得知这个信息。
撒母耳一想到上帝交托他的那么可怕的信息，便满心惊惶诧异。到了早晨，他照常执行他的本分，但在他幼稚的心上却负了一个沉重的但子。上帝既没有吩咐他将这可怕的谴责告诉以利，他就保持缄默，并尽可能地避免与以利见面。他战战兢兢，唯恐自己被人追问，不得不宣布上帝对他所敬爱之人所定的罪案。以利确知这信息必是预告什么大灾祸，将要临到他和他的家。所以他把撒母耳叫来，嘱咐他忠实地把耶和华所显示的事告诉他。这个少年人便听他的话，把一切都告诉了他，于是老人便低头顺服这可怕的判决，他说：“这是出于耶和华，愿他凭自己的意旨而行。”
然而以利并没有显出真正悔改的实效。他虽然承认了自己的错，却没有弃绝罪恶。年复一年的过去，耶和华延搁未降他所宣布的报应。在那几年中，以利很可以多多挽救他过去的失败；但这位老祭司并没有采取有效的步骤，来矫正那污秽耶和华圣所，并使以色列千万人败亡的罪恶。上帝的宽容竟使何弗尼和非尼哈的心肠更加刚硬，肆无忌惮了。以利曾把那警告并谴责他家的信息通告全国，希望借此多少抵消他过去疏忽的恶影响。但是百姓和他的儿子都不顾这警告。周围列国的人也知道以色列中所公开的罪孽，他们也就更加在拜偶像和犯罪的行为上胆大妄为了。他们在罪恶之中知觉已经麻木。如果以色列能保持他们的正直，则列国的人必能感觉到自己的罪恶是何等可憎。但是报应的日子即将来到。上帝的权威已被人撇在一边，对他的敬拜已被人轻忽藐视，所以他必须亲自干涉，来维护他圣名的荣誉。
“以色列人出去与非利士人打仗，安营在以便以谢，非利士人安营在亚弗。”以色列人这次的战役，事先并没有求问上帝，也没有征得大祭司或先知的同意。“非利士人与以色列人摆阵。两军交战的时候，以色列人败在非利士人面前，非利士人在战场上杀了他们的军兵，约有四千人。”当这灰心丧胆的队伍回到营中时，“以色列的长老说，耶和华今日为何使我们败在非利士人面前呢？”上帝刑罚全国的时机业已成熟了，然而他们却看不出自己的罪孽正是这次可怕灾祸的原因。他们说：“我们不如将耶和华的约柜，从示罗抬到我们这里来，好在我们中间救我们脱离敌人的手。”耶和华并没有命令，也没有准许他们把约柜抬到军营之中；但以色列人却自信必得胜利，于是当以利的儿子将约柜抬进营中时，他们就发出大声的欢呼。
非利士人一向把约柜看作以色列人的神，把耶和华为他子民所行的一切大能的事，都归功于约柜的能力。当他们听说约柜来到以色列营中，又听见众人所发的大声欢呼时，他们便说：“在希伯来人营里大声欢呼，是什么缘故呢？随后就知道耶和华的约柜到了营中。非利士人就惧怕起来，说：有神到了他们营中；又说：我们有祸了；向来不曾有这样的事。我们有祸了，谁能救我们脱离这些大能之神的手呢？从前在旷野用各样灾殃击打埃及人的，就是这些神。非利士人哪，你们要刚强，要作大丈夫，免得作希伯来人的奴仆，如同他们作你们的奴仆一样；你们要作大丈夫与他们争战。”
非利士人向以色列人猛烈的进攻，结果以色列人大败，被杀的人甚多。有三万人死于战场，上帝的约柜也被掳去，以利的两个儿子在护卫约柜时也被杀了。这样，以色列人的历史上又留下一个见证，作为将来世世代代的警戒，说明那些自称为上帝子民的罪孽决不能逃脱刑罚。人越明白上帝的旨意，他们违背他旨意的罪也就越大。
以色列人所能遭遇的最可怕的灾祸，从此落到他们头上了。上帝的约柜已经被掳，如今已在敌人手中。当耶和华圣颜和能力的表号从他们中间移去的时候，真可以说荣耀已经离开以色列了。上帝真理和能力最奇妙的显示，是与这神圣的约柜息息相关的。从前无论在什么时候，只要约柜一出现，以色列人就得了神奇的胜利。约柜之上有金基路伯的翅膀遮蔽着，在至圣所内有言语所不能形容的荣光出现，这就是至高上帝看得见的象征。但如今约柜没有使他们得到胜利，在这一次战役中并没有保卫他们，因此以色列人普遍地为之悲哀沮丧。
他们没有看出自己的信仰不过是口头上的信仰，并不能得到上帝的喜悦。约柜里面所保存的上帝的律法是上帝同在的象征；但他们已经侮辱了上帝的诫命，轻视了他的律例，以致使耶和华的灵担忧。当百姓顺从上帝的圣洁律例时，耶和华就与他们同在，用他无穷的能力为他们行事；但当他们依靠约柜，而没有把它与上帝结合起来，也没有顺从他的律法，来尊荣他明显的旨意时，约柜就如一个普通的箱子一样，与他们无益了。他们看约柜如同拜偶像的列国看他们的假神一样，好像它本身有什么能力和拯救的因素似的。他们违犯了约柜中的律法，他们对约柜的敬拜，正足以使他们走到形式主义、假冒为善和敬拜偶像的地步。他们的罪已经使自己与上帝隔绝，除非他们悔改，并放弃他们的罪孽，他就不能使他们得到什么胜利。
单有约柜和圣所在以色列人中间是不够的。单有祭司献祭，百姓得称为上帝的儿女也是不够的。那些“心中注重罪孽”的人，耶和华必不听他们的要求；经上说：“转耳不听律法的，他的祈祷也为可憎。”（箴28:9）
当军队出去作战的时候，年迈眼花的以利却留在示罗。他为感觉前途的不祥而烦闷，他等待着战争的消息，因他“为上帝的约柜心里担忧。”他在会幕门口设了一个位子，天天坐在大道旁，焦急地等着有报信的人从战场上回来。
最后有一个便雅悯人从阵上来，“衣服撕裂，头蒙灰尘，”急忙向进城的上坡路跑去，他漫不经意地跑过道旁的老人，一直冲进城去，向期待着的人群传报失败和丧亡的信息。
呼号哀哭之声传到那坐在会幕门口观望者的耳中。有人把报信的人带到他面前。那人对以利说：“以色列人在非利士人面前逃跑，民中被杀的甚多；你的两个儿子何弗尼、非尼哈也都死了。”这事虽惨，以利还能忍受得住，因为他早已料到这事。但报信人一说：“并且上帝的约柜被掳去，”他脸上就现出无法形容的惨痛。他想到自己的罪使上帝受了这样的侮辱，使他转离了以色列，便再也不能忍受下去了，他毫无气力的，往后跌倒，“折断颈项而死。”
非尼哈的妻子虽然有一个不敬虔的丈夫，但她却是一个敬畏耶和华的妇女。她公公和丈夫的死，尤其是上帝约柜被掳的可怖消息，竟成了她的死因。她觉得以色列最后的希望已经断绝；她为这次在遭难的时候所生的孩子起名叫以迦博，就是“没有荣耀”的意思。她临死再三的悲呼：“荣耀离开以色列，因为上帝的约柜被掳去了。”
但是耶和华并没有完全丢弃他的百姓，他也没有让异教人长久欢庆。他已用非利士人作为刑罚以色列人的工具，现在还要用约柜刑罚非利士人。过去上帝的圣颜曾随着约柜，作为他顺从之民的力量和荣耀。现在那看不见的圣颜仍然随着这约柜，给一切违犯他圣洁律法的人带来了恐慌和毁灭。耶和华往往用他最狠毒的敌人来刑罚那些自称是他子民之人的不忠。当恶人看到以色列遭受惩罚时，他们固然会暂时得意；但时候将到，他们必要遭到圣洁而恨恶罪恶之上帝的刑罚。无论何处，只要有人怀藏罪孽，那里必有迅速而毫厘不爽的神圣刑罚随之而来。
非利士人兴高采烈地把约柜抬到他们五个主要城邑之一亚实突去，放在他们的神大衮的庙中。他们幻想着以前随着约柜的能力如今已经属于他们。并且再加上大衮的能力，他们就举世无敌了。可是次日他们到了庙里，看见一个令人非常恐慌的现象。大衮已经仆倒在耶和华的约柜前，面伏于地。祭司们恭恭敬敬地把这偶像扶起来，又立在原处。但到了次日，他们见大衮又仆倒在约柜之前，不料身体也折断了。这偶像的上半身是一个人像，而下半身则像一条鱼。如今那像人的一部分都折断了，只剩下那像鱼的残体。祭司和百姓惊慌万分；他们认为这一件神秘的事乃是一个凶兆，说明他们自己和他们的偶像都将在希伯来人的上帝面前被毁灭。于是他们把约柜从庙中抬出来，单放在另一所房子里。
亚实突人遭了打击，居民都患了一种痛苦致命的疾病。他们记得从前以色列的上帝曾降灾难在埃及人身上，他们就认为自己所受的灾难，必是约柜在他们中间的缘故。于是他们决定把约柜运往迦特去。但灾难也紧紧地随着约柜转移，所以迦特人把它送往以革伦去。以革伦人接到约柜，就喊嚷起来，说：“他们将以色列上帝的约柜运到我们这里，要害我们和我们的众民。”他们像迦特人和亚实突人一样，也祈求他们神的保护；但毁坏的工作仍然继续进行，直到他们在苦难中“合城呼号，声音上达于天。”他们再不敢将约柜放在人的家里，就把它放在露天之下。于是接着有鼠疫发生，蹂躏全地，毁坏了全地和仓库里的土产。这时举国险些被疾病和饥荒全然毁灭了。
耶和华的约柜在非利士地七个月，以色列人在这时期中，并没有作什么收复约柜的努力。但此时非利士人却急切地要放弃约柜，像他们过去想把它夺过来一样。约柜非但没有作为他们能力的泉源，反而成了他们的重累和灾难。然而他们不知道应采取什么方针才好；因为约柜无论运到哪里，哪里就遭到上帝的刑罚。于是他们招集国内的首领、祭司和占卜的，急切问他们说：“我们向耶和华的约柜应当怎样行？请指示我们用何法将约柜送回原处。”他们建议用赔罪的贵重礼物将约柜送回去。祭司说：“然后你们可得痊愈，并知道他的手为何不离开你们。”
为逃避或免除灾难起见，古时异教人的风俗，是要用金子、银子，或其他材料仿照导致毁灭之物，或身体上特别受灾的部分作一个像。然后把它安置在柱子上，或其他容易看见的地方，他们以为这样就可以保护患者脱离这个像所代表的灾祸。现代在有一些异教徒中，这种风俗依然盛行。当一个病人到庙里向他的神求治时，他要带着一个他所患之处的像献与他的神为祭。
非利士的首领便依着这种流行的迷信，指示百姓制造他们的金像，“他们回答说：当照非利士首领的数目，用五个金痔疮，五个金老鼠，因为在你们众人和你们首领的身上，都是一样的灾。”
这些哲士承认约柜附有神秘的能力，是一种他们无法应付的能力。但他们并没有劝告百姓离弃偶像去侍奉耶和华。他们虽然因难堪的灾祸而不得不承认他的威权，但他们仍然仇恨以色列的上帝。照样，罪人可能因上帝的刑罚而确知抗拒上帝是徒劳无益的。他们可能不得不承认他的能力，可是他们心中还是背了他的管教。这样的屈服并不能救罪人。人必须将心归向上帝，必须为上帝的恩典所软化，然后他的悔改才能蒙悦纳。
上帝对恶人的容忍是多么的宽大啊！敬拜偶像的非利士人和离道叛教的以色列人，一同享受了他的恩赐。上帝向人所表示的怜爱虽然不为人所理会，但仍经常临到一般忘恩负义和悖逆成性之人的身上。每一样福惠都向他们提说赐恩的主，但他们对他的爱却漠不关心。上帝对世人的容忍非常的宽大；但他们若一直顽梗不化，怙恶不悛，他就撤回了他保护的手。他们既不肯在上帝的作为以及他《圣经》的警告、劝诫和责备上听从他的声音，他就不得不借着刑罚教训他们了。
在非利士人当中，还有一些人反对将约柜送回原处去；他们认为这样承认以色列上帝的权能，有损于非利士人的尊严。可是“祭司和占卜的”劝诫百姓，不要效法法老和埃及人刚硬的心，以免他们还要受更大的灾难。于是他们提出一个博得众人赞同的计划，并立时予以实施。这计划就是将约柜和金礼物放在一辆新车上，这样就可以防止一切污秽的危险；车上要套两只从来未曾负过轭的乳牛，并要把牛犊关在家里，让母牛随意走去。如果母牛拉着约柜直行大道，到最近的一座利未人的城伯示麦，而回到以色列人那里去，非利士人就要以此为凭据，证明这大灾是以色列的上帝降在他们身上的；他们说：“若不然，便可以知道不是他的手击打我们，是我们偶然遇见的。”
母牛离开牛犊，拉着车随意走去，一面走一面叫，直行大道向伯示麦去。虽然没有人赶车，这荷重的牲畜仍然继续前行。有上帝与约柜同在，它就平平安安地到了所指定的地方。
那时正是收割的时候，伯示麦人在平原上收割麦子。他们“举目看见约柜，就欢喜了。车到了伯示麦人约书亚的田间，就站住了；在那里有一块大磐石，他们把车劈了，将两只母牛献给耶和华为燔祭。”非利士人的首领曾跟在约柜后面，“直到伯示麦的境界，”他们看见伯示麦人收了约柜，就回以革伦去了。这时灾难已经停止，他们就确信他们所受的灾祸乃是以色列的上帝所降的。
伯示麦人将约柜回到他们中间的消息很快地传开了，于是众人从四围的乡村里蜂拥而至欢迎约柜的回来。这时约柜放在先前作祭坛的大磐石上，他们就在约柜前再献上许多祭物给耶和华。如果这些敬拜的人真能悔改他们的罪，上帝就必赐福给他们。可是他们没有忠心顺从他的律法；他们固然为约柜回来而欣喜，并认为这是蒙福的先兆，但他们对约柜神圣的性质却没有真正的体会。他们没有为它预备一个合适的安放场所，反而让它留在禾场上。当他们注视着这神圣的约柜，并谈论其归来的奇妙方式时，他们就想要知道其中的特别能力何在。最后他们为好奇心所驱使，就揭上面遮盖之物，竟冒昧的把它打开。
全以色列人都曾受过有关敬畏并尊崇约柜的教训，从前每当约柜需要从一地迁移到另一地方时，抬约柜的利未人连看都不敢。只有一年一次，大祭司才蒙准许观看上帝的约柜。连信奉异教的非利士人，也未敢揭开遮在其上的布罩。在它被运送的一切过程中，总有人眼所看不见的天使一直在旁边护卫着。伯示麦人的胆大和不敬，立时受了刑罚。许多人突然被击杀而丧命了。
其余的人并没有因这次的刑罚而悔改，只是对约柜存着迷信的惧怕而已。伯示麦人渴望约柜离开他们，而自己又不敢挪移它，于是就打发人去见基列耶琳的居民，请他们把约柜接去。这地方的人兴高采烈地来欢迎这神圣的约柜。他们知道这是上帝赐恩给顺从和忠心之人的保证。他们以严肃的愉快的精神，把约柜接到他们的城中，放在一个利未人亚比拿达的家中。他派他的儿子以利亚撒看守耶和华的约柜，从此，约柜就留在那里多年。
自从耶和华向哈拿的儿子显示自己以来，撒母耳被召作上帝的先知已为全国所公认。虽然这本分在他是痛苦难堪的，但他还是忠心地传达了上帝对以利家的警告。撒母耳已经借此证明他是耶和华忠心的使者：“耶和华与他同在，使他所说的话，一句都不落空。从但到别是巴所有的以色列人，都知道耶和华立撒母耳为先知。”
以色列全国仍处在冷淡和拜偶像的状况中，上帝的刑罚还在他们身上，他们依然受着非利士人的管辖。在这些年间，撒母耳巡行全地的各城各乡，企图挽回百姓的心，归向他们列祖的上帝；他的努力获得了美好的效果。以色列人受了仇敌的压迫二十年之后，他们就“都倾向耶和华。”撒母耳劝告他们说：“你们若一心归顺耶和华，就要把外邦的神，和亚斯他录，从你们中间除掉，专心归向耶和华，单单的侍奉他；”在这里，我们就可以看出撒母耳所教导的实际的虔诚和内心的信仰，是与基督在地上时所教导的一样。若没有基督的恩典，则信仰的形式对古代的以色列人是毫无价值的，对今日的以色列人也是如此。
今日我们也需要这内心信仰的复兴，像古时以色列人所经历的一样。凡愿意归顺上帝的人，第一步必要的工作乃是悔改。任何人不能代替别人作这工作。我们必须亲自在上帝面前谦卑，并除掉我们的偶像。我们什么时候尽到了我们所有的力量，耶和华就必向我们显示他的救恩。
撒母耳既有各支派的首领与他合作，就在米斯巴招集了一个大会，并在这里宣告严肃的禁食。百姓都很谦卑地承认了自己的罪；并为证明他们决心服从所听见的教训起见，他们就立撒母耳作士师。
非利士人以为以色列人的这一次聚集，乃是作战会议，所以派出一枝劲旅要在以色列人的计划还没有成熟之前，驱散他们。非利士军接近的消息使以色列人大起恐慌。百姓恳请撒母耳说：“愿你不住的为我们呼求耶和华我们的上帝，救我们脱离非利士人的手。”
正在撒母耳奉献一只羊羔为燔祭的时候，非利士人就前来作战了。那一位曾在大火，烟云，和雷轰中降临在西奈山，并为以色列人分开红海，又在约旦河中开路的全能之主，这时又显示了他的能力。这前进的军队猝遇一阵可怕的暴风雨，顷刻之间遍地都是非利士人有能力的勇士之尸体了。
当时以色列人肃静敬畏地站在那里，战战兢兢的，一则以喜，一则一惧。以至他们看见仇敌被击杀，他们就知道上帝已经悦纳了他们的悔改。虽然他们没有准备作战，但这时他们拿了被杀之非利士人的武器，去追赶逃跑的敌人，直到伯甲。这一次获得显著胜利的战场，正是二十年前以色列人败在非利士人面前，祭司被杀，约柜被掳的地方。可见，顺从上帝乃是安全幸福之道，而违背上帝，则结果总是导致灾祸和陷于失败之途的；这一个真理，无论对国家对个人，都是确切可靠的。这时非利士人既完全被制服，他们就归还了从以色列人夺去的城邑，而且多年再不敢轻启战端了。其他国家也都追随着非利士人而行，所以在撒母耳单独治理的时期内，以色列人大享太平。
为令这一次的胜利垂诸永久起见，撒母耳在米斯巴和善的中间，立了一块大石作纪念。他给那石题名叫“以便以谢，”意思就是“援助之石，”他对百姓说：“到如今耶和华都帮助我们。”